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导致先天性唇腭裂的原因比较复杂,并且并不十分确定。通常与遗传因素密切相关,如果直系亲属有唇腭裂的症状,则可能影响到下一代。而孕妇在孕早期患病,也是造成唇腭裂的一个重要原因。如果在怀孕期间,用药不当,副作用也会引起唇腭裂的发生。而且接触过化学药物和放射源,也是导致胎儿畸形唇腭裂的危险所在。